W 1998 r. publicznie przyznał, że zdiagnozowano u niego chorobę Parkinsona, cztery lata później wydał pamiętnik „Lucky Man”, a w wywiadach mówił, że parkinson to dar, choć wymagający. Z powodu choroby przestał pić, co prawdopodobnie uratowało jego małżeństwo. Diagnozę postawiono, gdy miał zaledwie 29 lat. Zaważyła na jego karierze aktorskiej – Michael J. Fox angażował się w mniejsze projekty, ale takie, z których był dumny, jak „Stuart Malutki”, telewizyjny sitcom „Spin City”, zamiast grywać w komediowych hitach, jak „Doktor Hollywood”, w których często marnował talent.